Windowsのコントロールパネルで「プログラムのアンインストール」からSublime Text 2をアンインストールしても
新たにSublime Textをインストールしたら以前のパッケージや設定がまるごと復元されています。
この、設定ごとゼロからやり直したい場合は
ユーザディレクトリにあるSublime Text 2の設定やバックアップファイルを削除します。
Windows7は、ここにあります。
C:\Users\【ユーザ名】\AppData\Roaming\Sublime Text 2
Macの場合はここ。（Mac環境でのSublime Text情報掲載ページをたよりに推測）
/Users/【ユーザ名】/Library/Application Support/Sublime Text 2